Высшим коллегиальным органом управления Казанского ГАУ является Ученый совет, который обеспечивает стратегическое руководство вузом и принимает ключевые решения по его развитию и текущей деятельности. Заседания проходят на ежемесячной основе с учетом консолидированного мнения коллектива. Возглавляет совет ректор, а организационное сопровождение его работы возложено на ученого секретаря.